El sistema inmune está preparado para reconocer lo que no es propio. Un péptido sintético puede ser reconocido como extraño si su secuencia difiere de las del organismo, si incluye modificaciones poco habituales o, muy a menudo, si viene acompañado de agregados o impurezas, que son mucho más visibles para las células inmunes que la molécula aislada.
Cuando se forman anticuerpos contra un péptido, pueden no tener consecuencias, pueden neutralizar su actividad o acelerar su eliminación, y en casos raros pueden reaccionar contra la hormona natural del propio organismo. Por eso en el desarrollo de fármacos peptídicos se miden sistemáticamente los anticuerpos antifármaco.
En general, los péptidos cortos son poco inmunógenos, y el riesgo crece con el tamaño, con las secuencias ajenas a la especie y con la calidad del material.
La pureza, la ausencia de agregados y la técnica de manejo no son solo cuestiones de «potencia»: también influyen en la respuesta inmune que puede alterar los resultados de un estudio.
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