Se llaman «relacionadas» porque derivan del propio péptido y se le parecen mucho, lo que las hace difíciles de separar. Las más comunes son:
- Secuencias de deleción: les falta un aminoácido porque un acoplamiento de la síntesis falló.
- Truncados: cadenas que se interrumpieron antes de terminar.
- Productos de degradación: formas desamidadas, oxidadas o isomerizadas que aparecen con el tiempo, el calor o la humedad.
- Restos de la síntesis: grupos protectores que no se retiraron, dímeros o puentes disulfuro mal formados.
En el cromatograma aparecen como picos pequeños alrededor del principal. Su suma es lo que separa, por ejemplo, un 99% de pureza de un 95%. La espectrometría de masas permite identificarlas por su diferencia de masa respecto del péptido correcto.
Una impureza que se parece mucho al péptido puede tener una actividad parecida, nula o distinta. Por eso en investigación importa tanto el porcentaje total de impurezas como que ninguna sea abundante por sí sola.
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