La muestra se somete a una hidrólisis ácida que rompe todos los enlaces peptídicos. Los aminoácidos liberados se separan por cromatografía y se cuantifican. El resultado es una lista de cuántas unidades de cada aminoácido hay, que se compara con la composición esperada según la secuencia.
Tiene dos usos. El primero, apoyar la identidad: si el péptido debería tener dos lisinas y una valina, la proporción medida debe coincidir. El segundo, y el más importante en la práctica, es medir el contenido peptídico: la cantidad absoluta de aminoácidos recuperada permite calcular cuánto del polvo pesado es realmente péptido, descontando agua y contraiones.
La técnica tiene limitaciones: algunos aminoácidos (triptófano, cisteína) se destruyen parcialmente durante la hidrólisis y otros (asparagina y glutamina) se convierten en sus formas ácidas, así que se interpretan con correcciones.
Un certificado que reporta contenido peptídico medido por análisis de aminoácidos ofrece un dato más útil para calcular concentraciones reales que la pureza por HPLC por sí sola.
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