El equipo convierte las moléculas en iones —en péptidos, casi siempre por electrospray (ESI) o MALDI— y los separa según su relación masa/carga (m/z). Un péptido grande puede aparecer con varias cargas a la vez; el software reconstruye a partir de esos picos su masa real.
La comparación es directa: si la ficha declara un péptido de 1,419.5 Da y el espectro muestra 1,419.5 Da, la identidad es coherente. Si aparece una masa 16 Da mayor, puede indicar una oxidación; si falta la masa de un aminoácido, una secuencia de deleción.
La combinación más informativa es LC-MS: la cromatografía separa los componentes y el espectrómetro identifica cada pico. Así se sabe no solo cuánto hay del pico principal, sino qué es cada impureza.
HPLC y masa responden preguntas distintas y se necesitan las dos: la HPLC dice cuán puro es el material; la masa, si ese material es realmente el péptido declarado. Un certificado solo con HPLC deja la identidad sin demostrar.
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