Dos péptidos con los mismos aminoácidos en distinto orden son moléculas diferentes, con propiedades distintas. Por eso la secuencia es el dato central de cualquier ficha técnica: de ella se derivan la fórmula molecular, el peso molecular y la masa que debe verse en el análisis.
Las secuencias cortas se escriben completas: el KPV es Lys-Pro-Val; el Epitalon, Ala-Glu-Asp-Gly. En péptidos más largos se usa el código de una letra y se señalan las modificaciones: aminoácidos no naturales, extremos amidados, cadenas de ácido graso o puentes internos.
A partir de la secuencia se construye la estructura secundaria (hélices y láminas), la terciaria (el plegamiento completo) y, en proteínas con varias cadenas, la cuaternaria. En péptidos cortos la estructura primaria suele explicar casi todo su comportamiento.
Confirmar la identidad de un lote es comprobar que la masa medida coincide con la calculada a partir de la secuencia. Una sola sustitución de aminoácido cambia la masa y puede cambiar por completo la actividad.
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