La metionina es el punto más débil: su azufre se oxida con facilidad a sulfóxido de metionina, lo que añade 16 Da a la masa. La cisteína puede formar puentes disulfuro no deseados o dímeros; el triptófano y la histidina también son sensibles, especialmente a la luz.
La oxidación la favorecen el oxígeno disuelto, la exposición a la luz, las trazas de metales y ciertos contaminantes de los materiales. Por eso algunos péptidos se diseñan sustituyendo la metionina por norleucina, un aminoácido casi idéntico pero sin azufre, como ocurre en análogos de melanocortinas.
Las medidas prácticas son sencillas: mantener los viales cerrados y protegidos de la luz, evitar agitar las soluciones (lo que incorpora aire) y reducir el tiempo que el péptido pasa en solución a temperatura ambiente.
Un pico de +16 Da en la espectrometría de masas es la huella típica de una oxidación. Si aparece en un lote o aumenta con el tiempo, indica un problema de conservación o de fabricación.
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